综合保税区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。其将保税区、出口加工区、保税物流园区的所有政策和功能整合并叠加，是我国内地开放层次最高、优惠政策最多、功能最齐全的经济区域。
综合保税区整合了海关特殊监管区域的所有功能，如外国货物入区实行保税，国内货物入区视为出口实行退税。企业在区内不仅可以进行货物的保税仓储和加工、制造业务，还可以开展对外贸易等业务。
随着综合保税区功能不断完善，政策优势更加明显，区内新业态不断涌现。以往保税区的模式是‘成品保税进口+仓储物流’，现在创新性加入了工厂环节，将海外的成品终端加工前置到了国内的综合保税区，这相当于把跨境零售进口、深度加工，与综合保税区原有的物流优势叠加在一起。这样做的优势就是能够大幅缩短供应周期，非常适合保质期短的进口商品，例如食品。
综合保税区内的食品企业属于在中华人民共和国境内关外，因此应当依照《中华人民共和国食品安全法》相关规定从事食品生产和加工，与区外的食品企业一致均应取得食品生产许可证。
为进一步提高通关效率，最大程度的缩短供应周期，根据2019年海关总署《关于进出口预包装食品标签检验监督管理有关事宜的公告》，自2019年10月1日起，取消首次进口预包装食品标签备案要求，进口商应当负责审核其进口预包装食品标签是否符合我国相关法律、行政法规规定和食品安全国家标准要求，审核不合格的不得进口。区内食品企业在预包装食品出区前不再进行标签备案，通过提高企业自身专业水平，规定由进口商自行确保标签合规性，不仅提高了进口食品通关效率，还缩短货物了交付时间，增强了整个食品企业市场的竞争优势。
除此，为了规范综合保税区内的食品企业加工业务，2020年12月31日，中华人民共和国海关总署发布了《中华人民共和国海关进出口商品规范申报目录》（2021年版）（简称新版《申报目录》），对进出口食品规范申报提出了新要求： 对蔬菜、水果、坚果或植物其他部分的制品，增加了加工方法和成分含量的申报要求，品牌申报也需包括中文及外文名称；对葡萄酒的多个申报要素也一并作出调整，新增了葡萄酒进口方式和品牌等要素，用以区分散酒进口或原瓶进口。
目前，综合保税区是参照《中华人民共和国海关保税港区管理暂行办法》进行管理。中国海关针对食品企业相关政策规定，对其发展的优势作出以下解读：
优势一：“抽样后即放行”监管新模式
为了进一步促进综保区发展，2019年国务院出台《关于促进综合保税区高水平开放高质量发展的若干意见》，对进入综合保税区的进口食品提出“境外入区的食品，如需检测的，在抽样后即放行”的创新监管模式。同年，海关总署发布了《关于境外进入综合保税区食品检验放行有关事项的公告》（海关总署2019年第29号公告），综合保税区内进口的食品，需要进入境内的，可在综保区进行合格评定，分批放行；凡需要进行实验室检测的，可在满足条件的基础上抽样后即予以放行。经实验室检测发现安全卫生项目不合格的，进口商应按照《中华人民共和国食品安全法》的规定采取主动召回措施，并承担相应的法律责任。这一政策的实施实现了进口食品出区申报与流通环节无缝对接，为企业节约了检验放行时间，进一步增强了综保区的活力。
目前，我国针对综合保税区仍在创新及完善各项制度，并将自贸试验区中与海关特殊监管区域相关的改革试点经验在所有综合保税区率先全面复制推广。进一步拓展综合保税区的改革创新空间，最大范围释放自贸试验区制度创新红利。
